Bioinformatik, 6 hp

Bioinformatics, 6 credits

732A51

Huvudområde

Statistik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Kurstyp

Fristående- och programkurs

Examinator

Krzysztof Bartoszek

Kursansvarig

Krzysztof Bartoszek

Studierektor eller motsvarande

Jolanta Pielaszkiewicz

Tillgänglig för utbytesstudenter

Ja

Kontaktinformation

VOF = Valbar / Obligatorisk / Frivillig
Kursen ges för Termin Veckor Språk Ort VOF
Fristående kurs (Halvfart, Dagtid) HT 2021 202144-202202 Engelska Linköping
Fristående kurs (Halvfart, Dagtid) HT 2021 202144-202202 Engelska Linköping
F7MSL Statistics and Machine Learning, Master´s Programme - First and main admission round 3 (HT 2021) 202144-202202 Engelska Linköping V
F7MSL Statistics and Machine Learning, Master´s Programme - Second admission round (open only for Swedish/EU students) 3 (HT 2021) 202144-202202 Engelska Linköping V

Huvudområde

Statistik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Fördjupningsnivå

A1N

Kursen ges för

  • Master's Programme in Statistics and Machine Learning

Förkunskapskrav

  • 180 hp avslutade kurser varav 90 hp inom något av följande ämnen:
    • matematik
    • tillämpad matematik
    • statistik
    • bioinformatik 
      eller
    • datavetenskap
  • Godkända kurser i:
    • statistik, grundkurs
    • datavetenskap, grundkurs
  • Engelska 6
    Undantag ges för svenska

Lärandemål

Efter avslutad kurs ska den studerande på en avancerad nivå kunna:

  • redogöra för begrepp inom molekylärbiologi och ha en primär förståelse för olika tekniker som används för att generera data.
  • reodgöra för viktiga algoritmer och principer för statistiska modeller som används för analys av högdimensionella molekylära data.
  • tillämpa några av de viktigaste datorprogrammen inom bioinformatik och statistik på molekylära data-exempel.

Kursinnehåll

Kursen introducerar grundläggande molekylärbiologiska begrepp och hur man analyserar data med bioinformatik och statistik. Mer specifikt innehåller kursen:

  • Grunder av molekylär biologi och genetik,
  • Gömda Markov kedjor, genetisk sekvensanalys,
  • Sekvenslikhet, sekvensgruppering,
  • Återuppbyggnad av fylogeni,
  • Kvantitativ dragmodellering,
  • Analys av mikromatriser,
  • Nätverksbiologi.

Undervisnings- och arbetsformer

Undervisningen består av föreläsningar och datorövningar. Föreläsningarna ägnas åt presentationer av begrepp och metoder. Datorövningarna ger praktisk erfarenhet av statistisk analys av molekylära genetiska data. Hemarbete och egna studier är ett nödvändigt komplement till kursen. Kursens undervisningsspråk är engelska.

Examination

Skriftliga labrapporter från datorövningarna. En sista skriftlig eller muntlig tentamen. Detaljerad information om examinationen finns i kursens studiehandledning.

Om LiU:s koordinator för studenter med funktionsnedsättning har beviljat en student rätt till anpassad examination vid salstentamen har studenten rätt till det. Om koordinatorn istället har gett studenten en rekommendation om anpassad examination eller alternativ examinationsform, får examinator besluta om detta om examinator bedömer det möjligt utifrån kursens mål.

Studerande, vars examination underkänts två gånger på kursen eller del av kursen, har rätt att begära en annan examinator vid förnyat examinationstillfälle.

Den som godkänts i prov får ej delta i förnyat prov för högre betyg.

Betygsskala

ECTS, EC

Övrig information

Planering och genomförande av kurs ska utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ska ingå i varje kurs ska därför behandla frågan om hur kursen överensstämmer med kursplanen.

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Institution

Institutionen för datavetenskap
Kod Benämning Omfattning Betygsskala
DAT1 Tentamen 3 hp EC
FRIV Frivillig inlämningsuppgift 0 hp EC
LAB1 Laboration 3 hp EC
Det finns ingen kurslitteratur tillgänglig på studieinfo för den här kursen.

Denna flik innehåller det material som är publikt i Lisam. Den information som publiceras här är inte juridiskt bindande, sådant material hittar du under övriga flikar på denna sida.

Det finns inga filer att visa.