Proteinkemi, 15 hp

Huvudområde

Utbildningsnivå

Fördjupningsnivå

Förkunskapskrav

Godkänd Allmän kemi 1, Allmän kemi 2, Organisk kemi 1 och Biokemi 1. Genomgången Biokemi 2.

Lärandemål

Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom följande områden: 

Den teoretiska delen behandlar protein engineering, struktur-funktionssamband, proteiners biofysikalisk-kemiska egenskaper och metodologi för karaktärisering av proteiner. Den experimentella delen behandlar expression av klonade proteiner och metodologi för rening av proteiner samt karakterisering av dessa.

Efter väl inhämtad kurs ska den studerande kunna:

Teoretisk del:

• identifiera hur proteiner är uppbyggda
• använda information från olika databaser för att jämföra aminosyrasekvenser och utifrån det göra förutsägelser relaterade till proteinets biofysikaliska egenskaper
• använda biofysikaliska mätdata för karakterisering av proteiner.

Experimentell del:

• producera och rena klonade proteiner
• formulera problemställningar inom området, som kan besvaras med experimentell metodik
• arbeta i grupp i projektform på laboratoriet
• uppvisa ett reflekterande, vetenskapligt förhållningsätt till teorier och experimentella data.

Kursinnehåll

Inom kursens teoretiska del behandlas olika strukturmotiv hos proteiner som alfadomänstrukturer, alfa/betastrukturer, antiparallella betastrukturer, multifunktionella enzymer, membranproteiner, förutsägelse av proteinstrukturer. Vidare behandlas fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Moment som behandlas är kemiska egenskaper hos polypeptider, protein engineering, fysikaliska interaktioner som bestämmer proteiners egenskaper, bl.a. hydrofobinteraktionens roll, proteinstrukturens flexibilitet, proteiners stabilitet, proteinveckningsmekanismer, interaktion med andra molekyler, enzymkatalys.

Inom den experimentella delen behandlas expression av protein, proteinrening, fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Biofysikaliska mätmetoder som exempelvis fluorescencespektroskopi, cirkulär dikroism (CD) och kalorimetri (ITC) används. Vidare används sekvensanalys och strukturmodellering för resultatanalys.

Undervisnings- och arbetsformer

Kursen är uppdelad i olika teori- och projektblock för att ge tillfälle till mera ingående och sammanhängande studier av olika avsnitt. Teoriundervisning sker under föreläsningar och lektioner. På lektionerna studeras 3-dimensionella strukturer av proteiner, inklusive datorsimulering av olika strukturer.

Under projektdelen arbetar man med expression och rening av gentekniskt muterade humana proteiner, klonade i bakterier. Vid karakteriseringen av de muterade proteinvarianterna får grupperna själva utifrån en projektbeskrivning detaljplanera sina experiment. Denna planeringsprocess sker interaktivt genom träffar mellan grupperna och lärare. Grupperna får sedan självständigt utvärdera sina mätresultat. Erhållna resultat presenteras i en skriftlig rapport på engelska.

Examination

Kursen examineras genom projekt, laboration och digital salstentamen.

Gäller för alla kurser oavsett betygsskala.

• Studerande som underkänts två gånger på kursen eller del av kursen har rätt att begära en annan examinator vid förnyat examinationstillfälle.

Om kursen har tregradig betygsskala (U – VG) gäller följande:

• Studerande som godkänts i prov får ej delta i förnyat prov för högre betyg.

För kurser där obligatoriska moment ingår gäller följande:

• Om det finns särskilda skäl, och om det med hänsyn till det obligatoriska momentets karaktär är möjligt, får examinator besluta att ersätta det obligatoriska momentet med en annan likvärdig uppgift.

Om LiU: s koordinator för studenter med funktionsnedsättning har beviljat en student rätt till anpassad examination vid salstentamen har studenten rätt till det.  

Om koordinatorn har gett studenten en rekommendation om anpassad examination eller alternativ examinationsform, får examinator besluta om detta om examinator bedömer det möjligt utifrån kursens mål.  

Examinator får också besluta om anpassad examination eller alternativ examinationsform om examinator bedömer att det finns synnerliga skäl och examinator bedömer det möjligt utifrån kursens mål.

Betygsskala

Övrig information

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som skall ingå i varje kurs skall därför behandla frågan om hur kursen överensstämmer med kursplanen.

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att likvärdiga villkor råder med avseende på kön, könsöverskridande identitet eller uttryck, etnisk tillhörighet, religion eller annan trosuppfattning, funktionsnedsättning, sexuell läggning och ålder.

Om det föreligger synnerliga skäl får rektor i särskilt beslut ange förutsättningarna för, och delegera rätten att besluta om, tillfälliga avsteg från denna kursplan.

Om undervisnings- och examinationsspråk

Undervisningsspråk visas på respektive kurstillfälle på fliken "Översikt". Examinationsspråk relaterar till undervisningsspråk enligt nedan:

• Om undervisningsspråk är svenska ges kursen i sin helhet eller till stora delar på svenska. Observera att även om undervisningsspråk är svenska kan delar av kursen ges på engelska. Examinationsspråk är svenska.
• Om undervisningsspråk är svenska/engelska kan kursen i sin helhet ges på engelska vid behov. Examinationsspråk är svenska om kursen ges på svenska eller engelska om kursen ges på engelska.
• Om undervisningsspråk är engelska ges kursen i sin helhet på engelska. Examinationsspråk är engelska.

Institution