Mikrobiella cellfabriker, 6 hp

Microbial Cell Factories, 6 credits

TFKE70

Huvudområde

Teknisk biologi

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Kurstyp

Programkurs

Examinator

Martin Karlsson

Studierektor eller motsvarande

Magdalena Svensson

Undervisningstid

Preliminär schemalagd tid: 52 h
Rekommenderad självstudietid: 108 h

Tillgänglig för utbytesstudenter

Ja
VOF = Valbar / Obligatorisk / Frivillig
Kursen ges för Termin Period Block Språk Ort/Campus VOF
6CKEB Civilingenjör i kemisk biologi - med valbar utgång till naturvetenskaplig kandidat (Industriella bioprocesser) 7 (HT 2023) 2 1 Svenska/Engelska Linköping, Valla O
6CTBI Civilingenjör i teknisk biologi (Industriella bioprocesser) 7 (HT 2023) 2 1 Svenska/Engelska Linköping, Valla O

Huvudområde

Teknisk biologi

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Fördjupningsnivå

A1X

Kursen ges för

  • Civilingenjörsprogram i teknisk biologi
  • Civilingenjörsprogram i kemisk biologi

Rekommenderade förkunskaper

Cellbiologi, mikrobiologi, genteknik.

Lärandemål

Baserat på kunskaper erhållna i tidigare kurser avser kursen att ge kunskaper om, och förståelse för, hur mikroorganismer kan användas inom t.ex. livsmedelsindustri och miljöbioteknik, samt användas och modifieras för fermentationsbaserad produktion av ett brett spektrum av produkter som t.ex. energibärare, biokemikalier, läkemedel m.m. 

Till grund för detta ligger kunskaper om mikrobiella livsbetingelser, tillväxt, metabolism och genreglering, samt ett stort antal mikrobiologiska, molekylärbiologiska och biotekniska metoder. 

Efter kursen skall studenten kunna: 

  1. Beskriva och särskilja de huvudsakliga skillnaderna mellan prokaryota och eukaryota mikroorganismers cellmorfologi, cellulära system och biokemiska syntesvägar.
  2. Redogöra för egenskaper hos, krav för tillväxt/produktion och användningsområden för de mest frekvent utnyttjade mikroorganismerna inom industriell bioteknik. 
  3. Beskriva mikrobiell produktion av proteiner/enzymer, och redogöra för egenskaper hos mikrobiella cellfabriker för effektiv sådan produktion, upprening och användning av protein-/enzymprodukter.
  4. Redogöra för centrala metabola vägar och deras reglering för produktion av industriellt relevanta primära och sekundära metaboliter för hållbar utveckling/produktion av t ex biobränslen och biopolymerer från förnybara råvaror.
  5. Beskriva olika metoder för att analysera flöden i metabola vägar och redogöra för hur erhållen information tillsammans med nya metoder inom syntetisk biologi och geneditering kan användas för ”metabolic engineering” för ökat utbyte eller nya produkter.
  6. Självständigt kunna utvärdera experimentella data och information från vetenskapliga artiklar i fältet och utifrån flera metoder/källor kunna dra egna slutsatser, samt skriftligen och muntligen med korrekt terminologi presentera forskning inom området. 

Kursinnehåll

Naturligt förekommande mikrobiella processer som används för produktion av t.ex. livsmedel och biobränslen, och inom andra biologiska processer som t.ex. vattenrening.  

Prokaryota och eukaryota mikroorganismers cellstruktur och subcellulära lokalisering av olika metabola processer. 

Egenskaper, behov och användningsområden för de mest vanligt förekommande mikrobiella cellfabrikerna inkl. E. coli, B. subtilis, P. pastoris, Y. lipolytica, Streptomyces sp, S. cerevisae och mikroalger. 

Användning av mikroorganismer för rekombinant produktion av peptider, proteiner och enzymer och därtill kopplade frågor med avseende på t.ex. kodonanvändning, post-translationell modifiering, proteinveckning/-processning och effekter på nedströms följande proteinrening/aktivering. 

Specifika metabola processer för produktion av olika biotekniskt intressanta produkter från primär eller sekundär metabolism, som t ex organiska syror, biobränslen och biopolymerer.  

Grundläggande metoder inom analys av metabola flöden och deras kontrollsystem via olika omicstekniker (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics) 

CRISPR/cas-baserade metoder för geneditering av mikroorganismer och hur metoder inom syntetisk biologi, geneditering och protein engineering kan användas för ”metabolic engineering” av mikrobiella cellfabriker för nya produkter och/eller ökat produktutbyte. 

Undervisnings- och arbetsformer

Teorin behandlas på föreläsningar. I laborationer ingår moment som belyser olika teoretiska avsnitt. Laborationer kräver aktivt deltagande och redovisas skriftligt. Ett litteraturprojekt genomförs i grupp och avhandlar en relevant användning eller modifiering av en mikrobiell cellfabrik. Projektet redovisas i en skriftlig rapport och presenteras/diskuteras på ett seminarium. 

Examination

PRA1Projekt med muntlig och skriftlig redovisning1.5 hpU, G
TEN1Skriftlig tentamen3 hpU, 3, 4, 5
LAB1Laboration med skriftlig rapport1.5 hpU, G

För godkänt projekt krävs godkända muntliga och skriftliga redovisningar. För godkänd laboration krävs närvaro och godkänd skriftlig redovisning.  Den skriftliga tentamen visar hur väl studenten uppfyller kraven.

Betyg på delmoment/modul beslutas i enlighet med de bedömningskriterier som presenteras vid kursstart.

Betygsskala

Fyrgradig skala, LiU, U, 3, 4, 5

Övrig information

Om undervisnings- och examinationsspråk

Undervisningsspråk visas på respektive kurstillfälle på fliken "Översikt". Examinationsspråk relaterar till undervisningsspråk enligt nedan:

  • Om undervisningsspråk är ”Svenska” kan kursen ges i sin helhet på svenska eller delvis på engelska. Examinationsspråk är svenska, men delar av examinationen kan ske på engelska.
  • Om undervisningsspråk är Engelska ges kursen i sin helhet på engelska. Examinationsspråk är engelska.
  • Om undervisningsspråk är ”Svenska/Engelska” ges kursen i sin helhet på engelska om studenter utan tidigare kunskap i svenska språket deltar. Examinationsspråk följer undervisningsspråk.

Övrigt

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt. 

Kursen är campusförlagd på den ort som anges för kurstillfället om inget annat anges under ”Undervisnings – och arbetsformer”. I en campusförlagd kurs kan dock enstaka moment på distans ingå.

Om det föreligger synnerliga skäl får rektor i särskilt beslut ange förutsättningarna för, och delegera rätten att besluta om, tillfälliga avsteg från denna kursplan. 

Institution

Institutionen för fysik, kemi och biologi

Kurslitteratur

Böcker

  • Singh, Vijai, (2021) Microbial cell factories engineering for production of biomolecules. London : Academic Press, 2021.
    ISBN: 9780128214787, 0128214783, 9780128214770, 0128214775

Övrigt

  • Tillhandahållet material från institutionen i form av föreläsningsanteckningar och vetenskapliga artiklar.

Kod Benämning Omfattning Betygsskala
PRA1 Projekt med muntlig och skriftlig redovisning 1.5 hp U, G
TEN1 Skriftlig tentamen 3 hp U, 3, 4, 5
LAB1 Laboration med skriftlig rapport 1.5 hp U, G

För godkänt projekt krävs godkända muntliga och skriftliga redovisningar. För godkänd laboration krävs närvaro och godkänd skriftlig redovisning.  Den skriftliga tentamen visar hur väl studenten uppfyller kraven.

Betyg på delmoment/modul beslutas i enlighet med de bedömningskriterier som presenteras vid kursstart.

Kursplan

För varje kurs ska en kursplan finnas. I kursplanen anges kursens mål och innehåll samt de särskilda förkunskaper som erfordras för att den studerande skall kunna tillgodogöra sig undervisningen.

Schemaläggning

Schemaläggning av kurser görs enligt, för kursen, beslutad blockindelning. 

Avbrott och avanmälan på kurs

Enligt beslut vid Linköpings universitet om Riktlinjer och rutiner för bekräftelse av deltagande i utbildning med mera på grund- och avancerad nivå (Dnr LiU-2020-02256) skall avbrott i studier registreras i Ladok. Alla studenter som inte deltar i kurs man registrerat sig på är alltså skyldiga att anmäla avbrottet så att kursregistreringen kan 
tas bort. Avanmälan eller avbrott från kurs görs via webbformulär Blanketter och formulär 

Inställd kurs eller avvikelse från kursplanen

Kurser med få deltagare (< 10) kan ställas in eller organiseras på annat sätt än vad som är angivet i kursplanen. Om kurs skall ställas in eller avvikelse från kursplanen skall ske prövas och beslutas detta av dekanus. 

Riktlinjer rörande examination och examinator 

Se Beslut om Riktlinjer för utbildning och examination på grundnivå och avancerad nivå vid Linköpings universitet Dnr LiU-2020-04501, (http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/917592). 

Examinator för en kurs ska inneha en läraranställning vid LiU i enlighet med LiUs anställningsordning, Dnr LiU-2021-01204 (https://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622784). För kurser på avancerad nivå kan följande lärare vara examinator: professor (även adjungerad och gästprofessor), biträdande professor (även adjungerad), universitetslektor (även adjungerad och gästlektor), biträdande universitetslektor eller postdoktor. För kurser på grundnivå kan följande lärare vara examinator: professor (även adjungerad och gästprofessor), biträdande professor (även adjungerad), universitetslektor (även adjungerad och gästlektor), biträdande universitetslektor, universitetsadjunkt (även adjungerad och gästadjunkt) eller postdoktor. I undantagsfall kan även en Timlärare utses som examinator på både grund- och avancerad nivå, se Tekniska fakultetsstyrelsen vidaredelegationer. 

Examination

Principer för tentamina

Skriftlig och muntlig tentamen samt digital salstentamen och datortentamen ges minst tre gånger årligen; en gång omedelbart efter kursens slut, en gång i augustiperioden samt vanligtvis i en av omtentamensperioderna. Annan placering beslutas av programnämnden.

Principer för tentamensschemat för kurser som följer läsperioderna:

  • kurser som ges Vt1 förstagångstenteras i mars och omtenteras i juni och i augusti
  • kurser som ges Vt2 förstagångstenteras i maj och omtenteras i augusti och i januari
  • kurser som ges Ht1 förstagångstenteras i oktober och omtenteras i januari och augusti
  • kurser som ges Ht2 förstagångstenteras i januari och omtenteras i mars och i augusti

Tentamensschemat utgår från blockindelningen men avvikelser kan förekomma främst för kurser som samläses/samtenteras av flera program samt i lägre årskurs.

För kurser som av programnämnden beslutats vara vartannatårskurser ges tentamina 3 gånger endast under det år kursen ges.

För kurser som flyttas eller ställs in så att de ej ges under något eller några år ges tentamina 3 gånger under det närmast följande året med tentamenstillfällen motsvarande dem som gällde före flyttningen av kursen.

När en kurs, eller ett tentamensmoment (TEN, DIT, DAT), ges för sista gången ska ordinarie tentamen och två omtentamina erbjudas. Därefter fasas examinationen ut under en avvecklingsperiod med tre tentamina samtidigt som tentamen ges i eventuell ersättningskurs under det följande läsåret. Om ingen ersättningskurs finns ges tre tentamina i omtentamensperioder under det följande läsåret. Annan placering beslutas av programnämnden. I samtliga fall ges dessutom tentamen ytterligare en gång under det därpå följande året om inte programnämnden föreskriver annat. Totalt erbjuds alltså 6 omtentamenstillfällen, varav 2 ordinarie omtentamenstillfällen. I tentaanmälningssystemet markeras tentamina som ges för näst sista respektive sista gången.

Om en kurs ges i flera perioder under året (för program eller vid skilda tillfällen för olika program) beslutar programnämnden/programnämnderna gemensamt om placeringen av och antalet omtentamina. 

Omprov övriga examinerande moment

För riktlinjer för omprov vid andra examinerande moment än skriftliga tentamina, digital salstentamina och datortentamina hänvisas till de generella LiU-riktlinjerna för examination och examinator, http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/917592

Nedlagd kurs

För Beslut om Rutiner för administration vid avveckling av utbildningsprogram, fristående kurser och kurser inom program, se DNR LiU-2021-04782. Efter beslut om nedläggning och efter avvecklingsperiodens slut hänvisas studenterna till ersättande kurs (eller motsvarande) enligt information i kursplan eller utbildningsplan. Om en student har godkänt i något/några moment i en avvecklad programkurs men inte alla och det finns en åtminstone delvis ersättande kurs så kan en bedömning om eventuellt tillgodoräknande ske. Eventuell tillgodoräkning av delmoment görs av examinator.

Anmälan till tentamen

För deltagande i skriftlig tentamen, digital salstentamen och datortentamen är anmälan obligatorisk, se beslut i regelsamlingen https://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622682. En oanmäld student kan således inte erbjudas plats. Anmälan till tentamen är öppen 30 kalenderdagar före provdatum och stänger 10 kalenderdagar innan provdatum om inget annat anges. Anmälan görs i Studentportalen eller via LiU-appen. Anvisad sal meddelas fyra dagar före tentamensdagen via e-post. 

Ordningsföreskrifter för studerande vid tentamensskrivningar

Se särskilt beslut i regelsamlingen: http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622682.

Plussning

Vid Tekniska högskolan vid LiU har studerande rätt att genomgå förnyad examination (s.k. plussning) för högre betyg på skriftliga tentamina, digital salstentamina och datortentamina, dvs samtliga provmoment med modulkod TEN, DIT och DAT. På övriga examinationsmoment ges inte möjlighet till plussning, om inget annat anges i kursplan.

Plussning är ej möjlig på kurser som ingår i utfärdad examen.

Betyg och examinationsformer

Företrädesvis skall betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med beröm godkänd (5) användas. 

  • Kurser med skriftlig tentamen och digital salstentamen skall ge betygen (U, 3, 4, 5).
  • Kurser med stor del tillämpningsinriktade moment såsom laborationer, projekt eller grupparbeten får ges betygen underkänd (U) eller godkänd (G).
  • Examensarbete samt självständigt arbete ger betyg underkänd (U) eller godkänd (G).

Examinationsmoment och modulkoder

Nedan anges vad som gäller för de examinationsmoment med tillhörande modulkod som tillämpas vid Tekniska fakulteten vid Linköpings universitet. 

  • Skriftlig tentamen (TEN) och digital salstentamen (DIT) skall ge betyg (U, 3, 4, 5).
  • Examinationsmoment som kan ge betygen underkänd (U) eller godkänd (G) är laboration (LAB), projekt (PRA), kontrollskrivning (KTR), digital kontrollskrivning (DIK), muntlig tentamen (MUN), datortentamen (DAT), uppgift (UPG), hemtentamen (HEM).
  • Övriga examinationsmoment där examinationen uppfylls framför allt genom aktivt deltagande som basgrupp (BAS) eller moment (MOM) ger betygen underkänd (U) eller godkänd (G).
  • Examinationsmomenten Opposition (OPPO) och Auskultation (AUSK) inom examensarbetet ger betyg underkänd (U) eller godkänd (G).

Allmänt gäller att:

  • Obligatoriska kursmoment skall vara poängsatta och ges en modulkod.
  • Examinationsmoment som ej är poängsatt får ej vara obligatoriskt. Det är frivilligt att delta på dessa moment och information om det samt tillhörande villkor skall tydligt framgå i den beskrivande texten.
  • För kurser med flera examinationsmoment med graderad betygsskala skall det anges hur slutbetyg på kursen vägs samman.

För obligatoriska moment gäller att (i enlighet med Riktlinjer för utbildning och examination på grundnivå och avancerad nivå vid Linköpings universitet, http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/917592): 

  • Om det finns särskilda skäl, och om det med hänsyn till det obligatoriska momentets karaktär är möjligt, får examinator besluta att ersätta det obligatoriska momentet med en annan likvärdig uppgift.

För möjlighet till anpassade examinationsmoment gäller att (i enlighet med Riktlinjer för utbildning och examination på grundnivå och avancerad nivå vid Linköpings universitet, http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/917592): 

  • Om LiU: s koordinator för studenter med funktionsnedsättning har beviljat en student rätt till anpassad examination vid salstentamen har studenten rätt till det.
  • Om koordinatorn har gett studenten en rekommendation om anpassad examination eller alternativ examinationsform, får examinator besluta om detta om examinator bedömer det möjligt utifrån kursens mål.
  • Examinator får också besluta om anpassad examination eller alternativ examinationsform om examinator bedömer att det finns synnerliga skäl och examinator bedömer det möjligt utifrån kursens mål.

Rapportering av examinationsresultat

Rapportering av den studerandes examinationsresultat sker på respektive institution.

Plagiering

Vid examination som innebär rapportskrivande och där studenten kan antas ha tillgång till andras källor (exempelvis vid självständiga arbeten, uppsatser etc) måste inlämnat material utformas i enlighet med god sed för källhänvisning (referenser eller citat med angivande av källa) vad gäller användning av andras text, bilder, idéer, data etc. Det ska även framgå ifall författaren återbrukat egen text, bilder, idéer, data etc från tidigare genomförd examination, exempelvis från kandidatarbete, projektrapporter etc. (ibland kallat självplagiering).

Underlåtelse att ange sådana källor kan betraktas som försök till vilseledande vid examination.

Försök till vilseledande

Vid grundad misstanke om att en student försökt vilseleda vid examination eller när en studieprestation ska bedömas ska enligt Högskoleförordningens 10 kapitel examinator anmäla det vidare till universitetets disciplinnämnd. Möjliga konsekvenser för den studerande är en avstängning från studierna eller en varning. För mer information se Fusk och plagiat

Regler

Universitetet är en statlig myndighet vars verksamhet regleras av lagar och förordningar, exempelvis Högskolelagen och Högskoleförordningen. Förutom lagar och förordningar styrs verksamheten av ett antal styrdokument. I Linköpings universitets egna regelverk samlas gällande beslut av regelkaraktär som fattats av universitetsstyrelse, rektor samt fakultets- och områdesstyrelser. 

LiU:s regelsamling angående utbildning på grund- och avancerad nivå nås på http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/Innehall/Utbildning_pa_grund-_och_avancerad_niva

Böcker

Singh, Vijai, (2021) Microbial cell factories engineering for production of biomolecules. London : Academic Press, 2021.

ISBN: 9780128214787, 0128214783, 9780128214770, 0128214775

Övrigt

Tillhandahållet material från institutionen i form av föreläsningsanteckningar och vetenskapliga artiklar.

I = Introducera, U = Undervisa, A = Använda
I U A Moduler Kommentar
1. ÄMNESKUNSKAPER
1.1 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) matematiska och naturvetenskapliga ämnen
X
Cell-/mikrobiologi, biokemi, genteknik
1.2 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) teknikvetenskapliga ämnen
X
Cell-/mikrobiologi, biokemi, genteknik
1.3 Fördjupade kunskaper (motsvarande G2X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen
X
X
PRA1
TEN1
Projektarbete
1.4 Väsentligt fördjupade kunskaper (motsvarande A1X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen
X
TEN1

                            
1.5 Insikt i aktuellt forsknings- och utvecklingsarbete
X
X
PRA1
TEN1
Projektarbete
2. INDIVIDUELLA OCH YRKESMÄSSIGA FÄRDIGHETER OCH FÖRHÅLLNINGSSÄTT
2.1 Analytiskt tänkande och problemlösning
X
PRA1
LAB1
Lab + projektarbete
2.2 Experimenterande och undersökande arbetssätt samt kunskapsbildning
X
LAB1
Laboration med rapport
2.3 Systemtänkande
X
X
PRA1
TEN1
LAB1

                            
2.4 Förhållningssätt, tänkande och lärande
X
X
PRA1
TEN1
LAB1

                            
2.5 Etik, likabehandling och ansvarstagande
X
TEN1
Hållbar utveckling, miljöbioteknik
3. FÖRMÅGA ATT ARBETA I GRUPP OCH ATT KOMMUNICERA
3.1 Arbete i grupp
X
PRA1
LAB1
Lab och projektarbete
3.2 Kommunikation
X
PRA1
Skriftlig och muntlig rapportering
3.3 Kommunikation på främmande språk
X
PRA1
Rapport på engelska
4. PLANERING, UTVECKLING, REALISERING OCH DRIFT AV TEKNISKA PRODUKTER OCH SYSTEM MED HÄNSYN TILL AFFÄRSMÄSSIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
4.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling

                            
4.2 Företags- och affärsmässiga villkor

                            
4.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera utveckling av produkter och system
X
X
TEN1
LAB1
Lab. + projektarbete
4.4 Att konstruera produkter och system
X
X
PRA1
TEN1
Metabolic engineering + projekt
4.5 Att realisera produkter och system

                            
4.6 Att ta i drift och använda produkter och system

                            
5. PLANERING, GENOMFÖRANDE OCH PRESENTATION AV FORSKNINGS- ELLER UTVECKLINGSPROJEKT MED HÄNSYN TILL VETENSKAPLIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
5.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling för kunskapsutveckling
X
X
PRA1
TEN1
Projektarbete
5.2 Ekonomiska villkor för kunskapsutveckling

                            
5.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
X
PRA1
LAB1
Lab. + projektarbete
5.4 Att genomföra forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
LAB1
Laboration
5.5 Att redovisa och utvärdera forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
PRA1
Projektarbete med rapport

Denna flik innehåller det material som är publikt i Lisam. Den information som publiceras här är inte juridiskt bindande, sådant material hittar du under övriga flikar på denna sida.

Det finns inga filer att visa.