Proteinkemi, 12 hp

Protein Chemistry, 12 credits

NKED15

Huvudområde

Kemisk biologi Kemi

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Kurstyp

Programkurs

Examinator

Lars-Göran Mårtensson

Studierektor eller motsvarande

Magdalena Svensson

Undervisningstid

Preliminär schemalagd tid: 55 h
Rekommenderad självstudietid: 265 h

Tillgänglig för utbytesstudenter

Ja
VOF = Valbar / Obligatorisk / Frivillig
Kursen ges för Termin Period Block Språk Ort VOF
6KBIO Biologi, kandidatprogram 6 (VT 2019) 1 1+2 Engelska Linköping V
6KKEM Kemi - molekylär design, kandidatprogram 6 (VT 2019) 1 1+2 Engelska Linköping V
6KKEB Kemisk biologi kandidatprogram 6 (VT 2019) 1 1+2 Engelska Linköping O
6MKOS Organic Synthesis/Medicinal Chemistry, masterprogram 2 (VT 2019) 1 1+2 Engelska Linköping O
6MPRO Protein Science, masterprogram (Extern) 2 (VT 2019) 1 1+2 Engelska Linköping O

Huvudområde

Kemisk biologi, Kemi

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Fördjupningsnivå

A1X

Kursen ges för

  • Masterprogram i Organic Synthesis/Medicinal Chemistry
  • Masterprogram i Protein Science
  • Kemisk biologi kandidatprogram
  • Kemi - molekylär design, kandidatprogram
  • Biologi, kandidatprogram

Förkunskapskrav

OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Godkänd Allmän kemi 1, Allmän kemi 2, Organisk kemi 1 och Biokemi 1 eller motsvarande. Genomgången Biokemi 2 eller mostvarande.

Lärandemål

Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom följande områden: Proteinkemin, protein engineering, struktur-funktionssamband, proteiners biofysikalisk-kemiska egenskaper och metodologi för karaktärisering av proteiner. Efter väl inhämtad kurs kan man:

  • Identifera strukturmotiv och därifrån dra slutsatser om proteiners struktur och funktion.
  • Söka information från olika databaser för att visualisera proteinstrukturer och jämföra proteinsekvenser.
  • Utifrån detaljerade kemiska och fysikaliska egenskaper dra slutsatser om proteindynamik, struktur och funktion.
  • Proteinveckningens grundläggande mekanismer och har en fördjupad förståelse av de faktorer som avgör ett proteins stabilitet.
  • Formulera problemställningar inom området, som kan besvaras med experimentell metodik
  • Ha ett reflekterande, vetenskapligt förhållningsätt till teorier och experimentella data.
  • Arbeta i grupp i projektform på laboratoriet.

Kursinnehåll

Vid teoriundervisningen behandlas olika strukturmotiv hos proteiner som alfadomänstrukturer, alfa/betastrukturer, antiparallella betastrukturer, multifunktionella enzymer, membranproteiner, förutsägelse av proteinstrukturer.
Vidare behandlas fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Moment som behandlas är kemiska egenskaper hos polypeptider, protein engineering, fysikaliska interaktioner som bestämmer proteiners egenskaper, bl.a. hydrofobinteraktionens roll, proteinstrukturens flexibilitet, proteiners stabilitet, proteinveckningsmekanismer, interaktion med andra molekyler, enzymkatalys.
Inom projektdelen behandlas fysikaliska.kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Biofysikaliska mätmetoder som fluorescencespektroskopi, cirkulardikroism (CD) och kalorimetri  (ITC) används. Vidare andvänds sekvensanalys och strukturmodullering för resultatanalys.

Undervisnings- och arbetsformer

Kursen är uppdelad i olika teori- och projektblock för att ge tillfälle till mera ingående och sammanhängande studier av olika avsnitt. Teoriundervisning sker i föreläsnings- och lektionsform. På lektioner studeras 3-dimensionella strukturer av proteiner liksom datorsimulering av olika strukturer.
Under projektdelen arbetar man med gentekniskt muterade humana proteiner, klonade i bakterier. Ursprunget till de muterade proteinerna kan vara proteiner som muterats av de studerande under en tidigare kurs i genteknik eller proteinvarianter som tillverkats av forskargruppen. Vid karakteriseringen av de muterade proteinvarianterna får grupperna själva utifrån en projektbeskrivning detaljplanera sina experiment. Denna planeringsprocess sker interaktivt genom träffar mellan grupperna och lärare/labhandlerare. Grupperna får sedan självständigt utvärdera sina mätresultat. Erhållna resultat presenteras i en skriftlig rapport på engelska.

Examination

PRA1Projekt6 hpU, G
TEN1Skriftlig tentamen6 hpU, 3, 4, 5
Uppgifterna på tentamen testar hur väl studenten uppfyller kursens mål.

Betygsskala

Fyrgradig skala, LiU, U, 3, 4, 5

Övrig information

Om undervisningsspråk

Undervisningsspråk visas på respektive kurstillfälle på fliken "Översikt".

  • Observera att även om undervisningsspråk är svenska kan delar av kursen ges på engelska.
  • Om undervisningsspråk är Svenska/Engelska kan kursen i sin helhet ges på engelska vid behov.
  • Om undervisningsspråk är Engelska ges kursen i sin helhet på engelska. 

Övrigt

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt. 

Institution

Institutionen för fysik, kemi och biologi

Studierektor eller motsvarande

Magdalena Svensson

Examinator

Lars-Göran Mårtensson

Undervisningstid

Preliminär schemalagd tid: 55 h
Rekommenderad självstudietid: 265 h

Kurslitteratur

David Whitford, Proteins Structure and Function, Wiley. Projektbeskrivning från institutionen.
Kod Benämning Omfattning Betygsskala
PRA1 Projekt 6 hp U, G
TEN1 Skriftlig tentamen 6 hp U, 3, 4, 5
Uppgifterna på tentamen testar hur väl studenten uppfyller kursens mål.

Kursplan

För varje kurs finns en kursplan. I kursplanen anges kursens mål och innehåll samt de särskilda förkunskaper som erfordras för att den studerande skall kunna tillgodogöra sig undervisningen.

Schemaläggning

Schemaläggning av kurser görs efter, för kursen, beslutad blockindelning. För kurser med mindre än fem deltagare, och flertalet projektkurser läggs inget centralt schema.

Avbrott på kurs

Enligt rektors beslut om regler för registrering, avregistrering samt resultatrapportering (Dnr LiU-2015-01241) skall avbrott i studier registreras i Ladok. Alla studenter som inte deltar i kurs man registrerat sig på är alltså skyldiga att anmäla avbrottet så att kursregistreringen kan 
tas bort. Avanmälan från kurs görs via webbformulär, www.lith.liu.se/for-studenter/kurskomplettering?l=sv. 

Inställd kurs

Kurser med få deltagare ( < 10) kan ställas in eller organiseras på annat sätt än vad som är angivet i kursplanen. Om kurs skall ställas in eller avvikelse från kursplanen skall ske prövas och beslutas detta av programnämnden. 

Föreskrifter rörande examination och examinator 

Se särskilt beslut i regelsamlingen: http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622678 

Examination

Tentamen

Skriftlig och muntlig tentamen ges minst tre gånger årligen; en gång omedelbart efter kursens slut, en gång i augustiperioden samt vanligtvis i en av omtentamensperioderna. Annan placering beslutas av programnämnden.

Principer för tentamensschemat för kurser som följer läsperioderna:

  • kurser som ges Vt1 förstagångstenteras i mars och omtenteras i juni och i augusti
  • kurser som ges Vt2 förstagångstenteras i maj och omtenteras i augusti och i oktober
  • kurser som ges Ht1 förstagångstenteras i oktober och omtenteras i januari och augusti
  • kurser som ges Ht2 förstagångstenteras i januari och omtenteras i påsk och i augusti 

Tentamensschemat utgår från blockindelningen men avvikelser kan förekomma främst för kurser som samläses/samtenteras av flera program samt i lägre årskurs.

  • För kurser som av programnämnden beslutats vara vartannatårskurser ges tentamina 3 gånger endast under det år kursen ges.
  • För kurser som flyttas eller ställs in så att de ej ges under något eller några år ges tentamina 3 gånger under det närmast följande året med tentamenstillfällen motsvarande dem som gällde före flyttningen av kursen.
  • Har undervisningen upphört i en kurs ges under det närmast följande året tre tentamina samtidigt som tentamen ges i eventuell ersättningskurs, alternativt i samband med andra omtentamina. Dessutom ges tentamen ytterligare en gång under det därpå följande året om inte programnämnden föreskriver annat.
  • Om en kurs ges i flera perioder under året (för program eller vid skilda tillfällen för olika program) beslutar programnämnden/programnämnderna gemensamt om placeringen av och antalet omtentamina. 

Anmälan till tentamen

För deltagande i tentamina krävs att den studerande gjort förhandsanmälan i Studentportalen under anmälningsperioden, dvs tidigast 30 dagar och senast 10 dagar före tentamensdagen. Anvisad sal meddelas fyra dagar före tentamensdagen via e-post. Studerande, som inte förhandsanmält sitt deltagande riskerar att avvisas om plats inte finns inom ramen för tillgängliga skrivningsplatser.

Teckenförklaring till tentaanmälningssystemet:
  ** markerar att tentan ges för näst sista gången
  * markerar att tentan ges för sista gången 

Ordningsföreskrifter för studerande vid tentamensskrivningar

Se särskilt beslut i regelsamlingen: http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622682

Plussning

Vid Tekniska högskolan vid LiU har studerande rätt att genomgå förnyat prov för högre betyg på skriftliga tentamina samt datortentamina, dvs samtliga provmoment med kod TEN och DAT. På övriga examinationsmoment ges inte möjlighet till plussning, om inget annat anges i kursplan.

Regler för omprov

För regler för omprov vid andra examinationsformer än skriftliga tentamina och datortentamina hänvisas till LiU-föreskrifterna för examination och examinator, http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622678. 

Plagiering

Vid examination som innebär rapportskrivande och där studenten kan antas ha tillgång till andras källor (exempelvis vid självständiga arbeten, uppsatser etc) måste inlämnat material utformas i enlighet med god sed för källhänvisning (referenser eller citat med angivande av källa) vad gäller användning av andras text, bilder, idéer, data etc. Det ska även framgå ifall författaren återbrukat egen text, bilder, idéer, data etc från tidigare genomförd examination.

Underlåtelse att ange sådana källor kan betraktas som försök till vilseledande vid examination.

Försök till vilseledande

Vid grundad misstanke om att en student försökt vilseleda vid examination eller när en studieprestation ska bedömas ska enligt Högskoleförordningens 10 kapitel examinator anmäla det vidare till universitetets disciplinnämnd. Möjliga konsekvenser för den studerande är en avstängning från studierna eller en varning. För mer information se https://www.student.liu.se/studenttjanster/lagar-regler-rattigheter?l=sv.

Betyg

Företrädesvis skall betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med beröm godkänd (5) användas. Kurser som styrs av tekniska fakultetsstyrelsen fastställt tentamensschema skall därvid särskilt beaktas.

  1. Kurser med skriftlig tentamen skall ge betygen (U, 3, 4, 5).
  2. Kurser med stor del tillämpningsinriktade moment såsom laborationer, projekt eller grupparbeten får ges betygen underkänd (U) eller godkänd (G).

Examinationsmoment

  1. Skriftlig tentamen (TEN) skall ge betyg (U, 3, 4, 5).
  2. Examensarbete samt självständigt arbete ger betyg underkänd (U) eller godkänd (G).
  3. Examinationsmoment som kan ge betygen underkänd (U) eller godkänd (G) är laboration (LAB), projekt (PRA), kontrollskrivning (KTR), muntlig tentamen (MUN), datortentamen (DAT), uppgift (UPG), hemtentamina (HEM).
  4. Övriga examinationsmoment där examinationen uppfylls framför allt genom aktiv närvaro som annat (ANN), basgrupp (BAS) eller moment (MOM) ger betygen underkänd (U) eller godkänd (G).

Rapportering av den studerandes examinationsresultat sker på respektive institution.

Regler

Universitetet är en statlig myndighet vars verksamhet regleras av lagar och förordningar, exempelvis Högskolelagen och Högskoleförordningen. Förutom lagar och förordningar styrs verksamheten av ett antal styrdokument. I Linköpings universitets egna regelverk samlas gällande beslut av regelkaraktär som fattats av universitetsstyrelse, rektor samt fakultets- och områdesstyrelser. 

LiU:s regelsamling angående utbildning på grund- och avancerad nivå nås på http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/Innehall/Utbildning_pa_grund-_och_avancerad_niva. 

David Whitford, Proteins Structure and Function, Wiley. Projektbeskrivning från institutionen.
I = Introducera, U = Undervisa, A = Använda
I U A Moduler Kommentar
1. ÄMNESKUNSKAPER
1.1 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) matematiska och naturvetenskapliga ämnen
X
TEN1
Främst biokemi men även matematik
1.2 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) teknikvetenskapliga ämnen
X
X
TEN1
Biofysikaliska mättekniker
1.3 Fördjupade kunskaper (motsvarande G2X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen
X
TEN1
Proteinstabilitet
1.4 Väsentligt fördjupade kunskaper (motsvarande A1X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen

                            
1.5 Insikt i aktuellt forsknings- och utvecklingsarbete

                            
2. INDIVIDUELLA OCH YRKESMÄSSIGA FÄRDIGHETER OCH FÖRHÅLLNINGSSÄTT
2.1 Analytiskt tänkande och problemlösning
X
TEN1
Strukturanalys
2.2 Experimenterande och undersökande arbetssätt samt kunskapsbildning
X
TEN1
Analys av exp.data
2.3 Systemtänkande
X
TEN1
Projektplanering
2.4 Förhållningssätt, tänkande och lärande
X
TEN1
Enskild tentamen
2.5 Etik, likabehandling och ansvarstagande
X
TEN1
Arbeta i grupp, vetenskapligt förhållningssätt
3. FÖRMÅGA ATT ARBETA I GRUPP OCH ATT KOMMUNICERA
3.1 Arbete i grupp
X
PRA1
2-manna grupp
3.2 Kommunikation
X
PRA1
Rapport på engelska
3.3 Kommunikation på främmande språk
X
PRA1
Litteratur på engelska
4. PLANERING, UTVECKLING, REALISERING OCH DRIFT AV TEKNISKA PRODUKTER OCH SYSTEM MED HÄNSYN TILL AFFÄRSMÄSSIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
4.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling
X
Miljömedvetet val av kemikalier
4.2 Företags- och affärsmässiga villkor

                            
4.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera utveckling av produkter och system

                            
4.4 Att konstruera produkter och system

                            
4.5 Att realisera produkter och system

                            
4.6 Att ta i drift och använda produkter och system

                            
5. PLANERING, GENOMFÖRANDE OCH PRESENTATION AV FORSKNINGS- ELLER UTVECKLINGSPROJEKT MED HÄNSYN TILL VETENSKAPLIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
5.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling för kunskapsutveckling

                            
5.2 Ekonomiska villkor för kunskapsutveckling

                            
5.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
PRA1
Försöksplanering
5.4 Att genomföra forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
PRA1
Genomföra experiment
5.5 Att redovisa och utvärdera forsknings- eller utvecklingsprojekt
X
PRA1
Skriftlig vetenskaplig rapport

Denna flik innehåller det material som är publikt i Lisam. Den information som publiceras här är inte juridiskt bindande, sådant material hittar du under övriga flikar på denna sida.

Det finns inga filer att visa.