Bioinformatik, 3 hp

Bioinformatics, 3 credits

TFTB45

Huvudområde

Bioteknik Kemisk biologi Kemi

Utbildningsnivå

Grundnivå

Kurstyp

Programkurs

Examinator

Björn Wallner

Studierektor eller motsvarande

Magdalena Svensson

Undervisningstid

Preliminär schemalagd tid: 25 h
Rekommenderad självstudietid: 55 h

Tillgänglig för utbytesstudenter

Ja
VOF = Valbar / Obligatorisk / Frivillig
Kursen ges för Termin Period Block Språk Ort/Campus VOF
6CKEB Civilingenjör i kemisk biologi - med valbar utgång till naturvetenskaplig kandidat 5 (HT 2017) 2 1 Engelska Linköping, Valla O
6KKEB Kemisk biologi kandidatprogram 5 (HT 2017) 2 1 Engelska Linköping, Valla O
6MPRO Protein Science, masterprogram (Extern) 1 (HT 2017) 2 1 Engelska Linköping, Valla V

Huvudområde

Bioteknik, Kemisk biologi, Kemi

Utbildningsnivå

Grundnivå

Fördjupningsnivå

G2X

Kursen ges för

  • Protein Science, masterprogram
  • Civilingenjör i kemisk biologi - med valbar utgång till naturvetenskaplig kandidat
  • Kemisk biologi kandidatprogram

Förkunskapskrav

OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Biokemi, Cellbiologi, Mikrobiologi, Genteknik och molekylärgenetik

Lärandemål

Kursen avser att ge grundläggande kunskaper i bioinformatik, närmare bestämt om teorier och praktiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analyser av DNA- och proteinsekvenser samt för studier av proteiners strukturer. Det handlar både om teoretisk förståelse samt färdigheter i att praktiskt hantera metoderna. Kursen ska också visa hur ämnet utvecklas genom exempel från forsknings frontlinje.
Efter väl inhämtad kurs ska du kunna:

  • utnyttja de viktigaste öppna databaserna för litteratur, sekvensdata och strukturinformation,
  • utföra jämförelser av sekvenser samt ge goda tolkningar av resultaten,
  • ta fram och tolka viktig strukturell information om gener, proteiner och genom,
  • diskutera möjligheter och begränsningar hos bioinformatiska verktyg,
  • planera för nya bioinformatiska problem och kunna lösa dessa genom att kombinera verktygen som du lär dig i kursen.

 

Kursinnehåll

Datorbaserade metoder för analys av DNA- och proteinsekvenser och för studier av proteiners struktur. Databaser och metoder för databassökningar. Sekvensjämförelser (både DNA- och proteinnivå). Flersekvensjämförelser, multipla sekvensinpassningar (alignments). Sekvensmönster samt metoder för att karakterisera dessa som profiler och gömda markov modeller. Proteiners domäner. Användning av bioinformatik för funktionell karakteristik av gener och proteiner. Delmomenten belyser både bakomliggande teoretiska modeller och biologiska och biotekniska tillämpningar av de metoder och datorprogram som presenteras.

Undervisnings- och arbetsformer

Undervisningen består av föreläsningar och praktiska laborationer. Föreläsningarna presenterar bakomliggande teori och användningsområden. De praktiska laborationsmomenten syftar till att exemplifiera och fördjupa kunskapen på realistiska problem och frågeställningar.

Examination

LAB1Laboration1 hpU, G
TEN1Skriftlig tentamen2 hpU, 3, 4, 5

Betygsskala

Fyrgradig skala, LiU, U, 3, 4, 5

Övrig information

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt. 

Institution

Institutionen för fysik, kemi och biologi

Studierektor eller motsvarande

Magdalena Svensson

Examinator

Björn Wallner

Undervisningstid

Preliminär schemalagd tid: 25 h
Rekommenderad självstudietid: 55 h

Kurslitteratur

Kompendium / Compendium Vetenskapliga artiklar / Scientific articles
Kod Benämning Omfattning Betygsskala
LAB1 Laboration 1 hp U, G
TEN1 Skriftlig tentamen 2 hp U, 3, 4, 5

Kursplan

För varje kurs finns en kursplan. I kursplanen anges kursens mål och innehåll samt de särskilda förkunskaper som erfordras för att den studerande skall kunna tillgodogöra sig undervisningen.

Schemaläggning

Schemaläggning av kurser görs efter, för kursen, beslutad blockindelning. För kurser med mindre än fem deltagare, och flertalet projektkurser läggs inget centralt schema.

Avbrott på kurs

Enligt rektors beslut om regler för registrering, avregistrering samt resultatrapportering (Dnr LiU-2015-01241) skall avbrott i studier registreras i Ladok. Alla studenter som inte deltar i kurs man registrerat sig på är alltså skyldiga att anmäla avbrottet så att kursregistreringen kan 
tas bort. Avanmälan från kurs görs via webbformulär, www.lith.liu.se/for-studenter/kurskomplettering?l=sv. 

Inställd kurs

Kurser med få deltagare ( < 10) kan ställas in eller organiseras på annat sätt än vad som är angivet i kursplanen. Om kurs skall ställas in eller avvikelse från kursplanen skall ske prövas och beslutas detta av programnämnden. 

Föreskrifter rörande examination och examinator 

Se särskilt beslut i regelsamlingen: http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622678 

Examination

Tentamen

Skriftlig och muntlig tentamen ges minst tre gånger årligen; en gång omedelbart efter kursens slut, en gång i augustiperioden samt vanligtvis i en av omtentamensperioderna. Annan placering beslutas av programnämnden.

Principer för tentamensschemat för kurser som följer läsperioderna:

  • kurser som ges Vt1 förstagångstenteras i mars och omtenteras i juni och i augusti
  • kurser som ges Vt2 förstagångstenteras i maj och omtenteras i augusti och i oktober
  • kurser som ges Ht1 förstagångstenteras i oktober och omtenteras i januari och augusti
  • kurser som ges Ht2 förstagångstenteras i januari och omtenteras i påsk och i augusti 

Tentamensschemat utgår från blockindelningen men avvikelser kan förekomma främst för kurser som samläses/samtenteras av flera program.

  • För kurser som av programnämnden beslutats vara vartannatårskurser ges tentamina 3 gånger endast under det år kursen ges.
  • För kurser som flyttas eller ställs in så att de ej ges under något eller några år ges tentamina 3 gånger under det närmast följande året med tentamenstillfällen motsvarande dem som gällde före flyttningen av kursen.
  • Har undervisningen upphört i en kurs ges under det närmast följande året tre tentamina samtidigt som tentamen ges i eventuell ersättningskurs, alternativt i samband med andra omtentamina. Dessutom ges tentamen ytterligare en gång under det därpå följande året om inte programnämnden föreskriver annat.
  • Om en kurs ges i flera perioder under året (för program eller vid skilda tillfällen för olika program) beslutar programnämnden/programnämnderna gemensamt om placeringen av och antalet omtentamina. 

Anmälan till tentamen

För deltagande i tentamina krävs att den studerande gjort förhandsanmälan i Studentportalen under anmälningsperioden, dvs tidigast 30 dagar och senast 10 dagar före tentamensdagen. Anvisad sal meddelas fyra dagar före tentamensdagen via e-post. Studerande, som inte förhandsanmält sitt deltagande riskerar att avvisas om plats inte finns inom ramen för tillgängliga skrivningsplatser.

Teckenförklaring till tentaanmälningssystemet:
  ** markerar att tentan ges för näst sista gången
  * markerar att tentan ges för sista gången 

Ordningsföreskrifter för studerande vid tentamensskrivningar

Se särskilt beslut i regelsamlingen: http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622682

Plussning

Vid Tekniska högskolan vid LiU har studerande rätt att genomgå förnyat prov för högre betyg på skriftliga tentamina samt datortentamina, dvs samtliga provmoment med kod TEN och DAT. På övriga examinationsmoment ges inte möjlighet till plussning, om inget annat anges i kursplan.

Andra examinationsformer

För regler för omprov vid andra examinationsformer än skriftliga tentamina hänvisas till LiU-föreskrifterna för examination och examinator, http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/VisaBeslut/622678. 

Försök till vilseledande

Vid grundad misstanke om att en student försökt vilseleda vid examination eller när en studieprestation ska bedömas ska enligt Högskoleförordningens 10 kapitel examinator anmäla det vidare till universitetets disciplinnämnd. Möjliga konsekvenser för den studerande är en avstängning från studierna eller en varning. För mer information se www.liu.se/disciplinnamnden.

Betyg

Företrädesvis skall betygen underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4) och med beröm godkänd (5) användas. Kurser som styrs av tekniska fakultetsstyrelsen fastställt tentamensschema skall därvid särskilt beaktas.

  1. Kurser med skriftlig tentamen skall ge betygen (U, 3, 4, 5).
  2. Kurser med stor del tillämpningsinriktade moment såsom laborationer, projekt eller grupparbeten får ges betygen underkänd (U) eller godkänd (G).

Examinationsmoment

  1. Skriftlig tentamen (TEN) skall ge betyg (U, 3, 4, 5).
  2. Examensarbete samt självständigt arbete ger betyg underkänd (U) eller godkänd (G).
  3. Examinationsmoment som kan ge betygen underkänd (U) eller godkänd (G) är laboration (LAB), projekt (PRA), kontrollskrivning (KTR), muntlig tentamen (MUN), datortentamen (DAT), uppgift (UPG).
  4. Övriga examinationsmoment där examinationen uppfylls framför allt genom aktiv närvaro som annat (ANN), basgrupp (BAS) eller moment (MOM) ger betygen underkänd (U) eller godkänd (G).

Rapportering av den studerandes examinationsresultat sker på respektive institution.

Regler

Universitetet är en statlig myndighet vars verksamhet regleras av lagar och förordningar, exempelvis Högskolelagen och Högskoleförordningen. Förutom lagar och förordningar styrs verksamheten av ett antal styrdokument. I Linköpings universitets egna regelverk samlas gällande beslut av regelkaraktär som fattats av universitetsstyrelse, rektor samt fakultets- och områdesstyrelser. 

LiU:s regelsamling angående utbildning på grund- och avancerad nivå nås på http://styrdokument.liu.se/Regelsamling/Innehall/Utbildning_pa_grund-_och_avancerad_niva. 

Kompendium / Compendium Vetenskapliga artiklar / Scientific articles
I = Introducera, U = Undervisa, A = Använda
I U A Moduler Kommentar
1. ÄMNESKUNSKAPER
1.1 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) matematiska och naturvetenskapliga ämnen
X
Matematik och biokemi
1.2 Kunskaper i grundläggande (motsvarande G1X) teknikvetenskapliga ämnen
X
X
Bioinformatiska verktyg och analysmetoder
1.3 Fördjupade kunskaper (motsvarande G2X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen

                            
1.4 Väsentligt fördjupade kunskaper (motsvarande A1X), metoder och verktyg inom något/några teknik- och naturvetenskapliga ämnen

                            
1.5 Insikt i aktuellt forsknings- och utvecklingsarbete

                            
2. INDIVIDUELLA OCH YRKESMÄSSIGA FÄRDIGHETER OCH FÖRHÅLLNINGSSÄTT
2.1 Analytiskt tänkande och problemlösning
X
X
Löser bioinformatiska problem
2.2 Experimenterande och undersökande arbetssätt samt kunskapsbildning
X
X
Praktiska övningar
2.3 Systemtänkande
X
X
Genomsyrar kursen
2.4 Förhållningssätt, tänkande och lärande
X
Enskild tentamen
2.5 Etik, likabehandling och ansvarstagande

                            
3. FÖRMÅGA ATT ARBETA I GRUPP OCH ATT KOMMUNICERA
3.1 Arbete i grupp
X
Lab i 3-grupp, 2-grupp
3.2 Kommunikation
X
Skriftlig rapport
3.3 Kommunikation på främmande språk
X
Litteratur på engelska
4. PLANERING, UTVECKLING, REALISERING OCH DRIFT AV TEKNISKA PRODUKTER OCH SYSTEM MED HÄNSYN TILL AFFÄRSMÄSSIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
4.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling

                            
4.2 Företags- och affärsmässiga villkor

                            
4.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera utveckling av produkter och system
X
X
Begränsningar och möjligheter I bioinformatiska verktyg
4.4 Att konstruera produkter och system
X
X
Kombinera bioinformatiska verktyg
4.5 Att realisera produkter och system
X
Praktisk applicera bioinformatiska verktyg
4.6 Att ta i drift och använda produkter och system

                            
5. PLANERING, GENOMFÖRANDE OCH PRESENTATION AV FORSKNINGS- ELLER UTVECKLINGSPROJEKT MED HÄNSYN TILL VETENSKAPLIGA OCH SAMHÄLLELIGA BEHOV OCH KRAV
5.1 Samhälleliga villkor, inklusive ekonomiskt, socialt och ekologiskt hållbar utveckling för kunskapsutveckling

                            
5.2 Ekonomiska villkor för kunskapsutveckling

                            
5.3 Att identifiera behov samt strukturera och planera forsknings- eller utvecklingsprojekt

                            
5.4 Att genomföra forsknings- eller utvecklingsprojekt

                            
5.5 Att redovisa och utvärdera forsknings- eller utvecklingsprojekt

                            

Denna flik innehåller det material som är publikt i Lisam. Den information som publiceras här är inte juridiskt bindande, sådant material hittar du under övriga flikar på denna sida.

Det finns inga filer att visa.